O CCAFS tem como objetivo principal a capacitação de formadores/as, agricultores/as, técnicos/as e outros atores relevantes. Dentre outros objetivos, estão a dinamização de uma rede de referência para intercâmbio de conhecimentos e cooperação sobre Agricultura Familiar sustentável e Agroecologia na CPLP e a contribuição para a consolidação da agricultura sustentável em São Tomé e Príncipe e o seu reconhecimento internacional como exemplo de pilotagem de boas práticas.

Para atingir os objetivos acima mencionados, o Centro atua nas seguintes grandes áreas de conhecimento:

- Promoção do uso sustentável dos recursos naturais;

- Valorização da agrobiodiversidade e dos produtos da sociobiodiversidade;

- Segurança Alimentar e Nutricional. 

Dentre as principais atividades promovidas pelo CCAFS, estão:

- Seminários e oficinas temáticas; 

- Intercâmbios de conhecimento Sul-Sul e Norte-Sul;

- Biblioteca e videoteca virtual;

- Cursos de capacitação e outras ações de formação;

- Debates virtuais;

- Eventos nacionais, regionais e internacionais de carácter técnico-científico;

- Estudos e pesquisas nas áreas de intervenção; e

- Prestação de serviços a entidades nacionais, regionais e internacionais;

Em termos metodológicos, a abordagem agroecológica do CCAFS implica na multidisciplinaridade, com metodologias de ensino que valorizam o conhecimento dos agricultores e das agricultoras, que incluem a problematização das situações locais e a busca conjunta de soluções através do diálogo com os conhecimentos organizados pelas instituições de investigação dos Estados-Membros da CPLP. Assumem particular destaque os intercâmbios de experiências, no processo de co-construção de conhecimentos. São consideradas as relações sociais de género e geração, com a valorização dos saberes e práticas das mulheres, estimulando a participação de jovens, e abarcando as dimensões técnica, científica, social, cultural e ambiental.